Das Franceschetti-Syndrom wird autosomal dominant vererbt. Autosomal bedeutet, dass Männer und Frauen gleichermaßen betroffenen sind. Dominant bedeutet, dass man Syndromträger sein muss um es weiter zu vererben, es kann also nicht, wie bei anderen Gendefekten möglich, eine Generation überspringen. Die Wahrscheinlichkeit es zu vererben liegt, grob gesagt, bei 50%. Die tatsächliche Wahrscheinlichkeit hängt jedoch von der konkreten Gen-Konstellation ab.

Die Ausprägung bei den Eltern mit diesem Syndrom gibt jedoch keinen Aufschluss darauf, wie stark ausgeprägt das Syndrom bei deren Kindern sein wird. Manche Menschen sind Genträger, ohne es zu wissen, da es rein optisch nicht zu sehen ist, wenn die Ausprägung sehr gering ist.

Über die Hälfte der in den letzten Jahren aufgetretenen Fälle sind jedoch spontane Mutationen, d.h. beide Eltern waren gesund und haben trotzdem ein Kind mit dem Syndrom geboren.

Humangenetiker führen spezielle Blutuntersuchungen durch, bei denen erkannt wird, ob jemand Genträger ist oder nicht. Dies ist für Familien, die bereits ein Kind mit dem Franceschetti-Syndrom haben und sich weitere Kinder wünschen, sich aber nicht sicher sind, ob jemand Genträger ist oder nicht, von großer Bedeutung.